La Autoridad Nacional del Ambiente (ANAM) y la Autoridad del Canal de Panamá (ACP) han publicado un estudio en el que se recoge que existe un "serio deterioro" en varios ecosistemas situados próximos a la gran infraestructura portuaria. Según este informe, realizado durante los últimos cinco años, un total de 23 ríos de la cuenca de 552.761 hectáreas que abastece de agua las esclusas que permiten el funcionamiento del canal, tienen sus cuencas seriamente dañadas.

El informe recoge que este deterioro se debe al desarrollo de actividades industriales y al asentamiento de nuevas poblaciones en las proximidades de los ríos, que se ven contaminados por las aguas residuales, aunque también destaca la creación de vertederos y la plantación de especies arbóreas no autóctonas como el membrillo o el mango.

Este estudio también añade que entre 1985 y el 2003 se han perdido un total de 600 hectáreas de bosques por la deforestación producida en las inmediaciones del canal, algunas de las cuales son espacios protegidos.

El estudio coincide con las recientes propuestas del Gobierno de Martín Torrijos de ampliar la capacidad de esta gran infraestructura portuaria que supone actualmente el principal eje económico de Panamá.