Después de dar por imposible el acuerdo entre los dos países sin la mediación de este organismo, Panamá ha llevado al Organo de Solución de Disputas de la Organización Mundial del Comercio (OMC) la celebración de una nueva ronda de consultas con Colombia sobre el conflicto comercial que les separa por la aplicación de ciertas normas aduaneras en Colombia.

Según Panamá, las medidas aduaneras impuestas por Bogotá a la importación de determinadas mercancías procedentes del país centroamericano violarían las normas de la organización multilateral. Al parecer, en lugar de los métodos de valoración establecidos en el Acuerdo sobre Valoración en Aduana (del GATT), como base para determinar y pagar derechos de aduana y otros derechos o cargas e impuestos, Colombia estaría realizando su propia valoración al alza.

Además, Panamá también ha expresado su malestar por el hecho de que sus productos textiles y calzado sólo puedan entrar en Colombia por el aeropuerto de El Dorado y la aduana de Barranquilla, y también protesta por que las facturas comerciales de las mercancías procedentes de la Zona Libre de Colón (Panamá) deban contener, además de los requisitos habituales, el nombre, dirección y número de identificación tributaria (NIT) del comprador en Colombia.